生长素运输是从形态学上端到下端没错.但树干（茎）与根是分开算的.芽的顶端产生的生长素运输到茎最下部--当然会到达最下端的侧枝.而根是由根尖--（根部形态学上端）产生生长素,极性运输到根基部.
所以,像你说的用生长素类似物处理枝条的形态学上端将只作用于枝条,与根无关,不会造成生根.