A．CO₂和SiO₂中均为共价键，但CO₂为分子晶体，SiO₂为原子晶体，故A错误；
B．C₆₀和C（金刚石）中均为共价键，但C₆₀为分子晶体，C（金刚石）为原子晶体，故B错误；
C．NaCl中含离子键，为离子晶体，而HCl中含共价键，为分子晶体，故C错误；
D．CO₂和H₂O中均为共价键，且均为分子晶体，故D正确；
故选：D．