A、棉田是人工生态系统，主要目的是获取更多的棉花，不需要像自然生态系统那样维持生物的多样性，A错误；
B、减缓棉铃虫抗性基因频率增加的速度，从而延缓具有抗性基因的棉铃虫新品种的出现，B正确；
C、棉田人工生态系统的主要目的是为了收获棉花，不是收获鸟类，大田中种植转基因抗虫棉的同时，间隔种植少量非转基因的棉花或其他作物，供棉铃虫取食的主要目的不是不使食虫鸟有虫可食，C错误；
D、棉田人工生态系统的主要目的是为了收获棉花，应减少生态系统内的能量流向其他生物，D错误．
故选：B．