①长方形的长是：2×4=8（厘米），宽是3厘米，
重叠的面积是：8×3=24（平方厘米）； 
答：运行4秒后，重叠面积是24平方厘米．
②正方形的边长是运行6秒后的长度：6×2=12（厘米）．
答：正方形的边长是12厘米．
③如图：

④（如图2）重叠面积最大是：12×3=36（平方厘米）；
答：重叠面积最大是36平方厘米．
⑤长方形离开正方形时，用了：
（24+12）÷2，
=36÷2，
=18（秒）．
答：长方形离开正方形时，用了18秒．
故答案为：24，12，36，18．