A、地壳中的元素很少以分子的形式存在的，像氧、硅、铝、铁主要存在于化合物里；故A不正确；
B、原子是一微观概念，且具有相同核电荷数（即质子数）的同一类原子总称元素，元素是宏观概念，用原子表示质量分数不确切；故B不正确；
C、地壳中的元素很少以单质的形态存在，主要存在于化合物；故C不正确；
D、具有相同核电荷数（即质子数）的同一类原子总称元素，元素是宏观概念，用元素表示地壳各元素的质量分数最确切．故D正确．
故选D