简单的说,是分布的位置不同,DNA在细胞核中（动物细胞,植物细胞还有线粒体和叶绿体DNA）RNA主要存在与细胞质中,极少量转录的在细胞核中!
再复杂一点,就是不同的染色剂对2者的亲和力不一样,有的专一结合于DNA有的结合于RNA!
还有就是染色剂对于DNA和RNA最后染色的效果是不一样的（颜色不同）!