A、禽流感病毒和大肠杆菌都没有成形的细胞核，A错误；
B、禽流感病毒没有细胞结构，但大肠杆菌有细胞结构，因此有无细胞结构是两者最大的区别，B正确；
C、禽流感病毒没有细胞结构，没有细胞壁，大肠杆菌有细胞壁，但这不是两者最大的区别，C错误；
D、禽流感病毒与大肠杆菌都有遗传物质，D错误．
故选：B．