A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，即生物只要发生进化，基因频率就会改变，A正确；
B、基因频率的改变一定会引起生物的进化，B错误；
C、生物在进化过程中一定有基因频率的改变，C错误；
D、只有生物进化时，才发生基因频率的改变，D错误．
故选：A．