生物原来是以物种之间的形态上具有的共同特点作为分类的依据,根据彼此相似性程度的不同而逐渐细分,譬如豆科植物都有荚状的果实；也有的可以根据生活习性的不同而作为归类的参考依据,譬如猫科动物都具有食肉和夜行性的特点.但是食物习性只是不充分的分类条件,不能单纯根据食物类型来分类,因为动物的食性无非是吃荤的,吃素的和杂食的,如果那样就把动物分成三大类,未免太粗糙,动物分类的重要依据还是骨骼的结构和生活习性以及分布地域造成的生殖隔离.
近年来,生物学界还根据不同动物在生物基因物质上的特点来进行分类,具有类似DNA的动物被划为同类.