What's wrong with you?这一句是口语,表示“你怎么了?”.从句型结构上讲,what疑问词是主语,is是系动词,wrong是形容词,作表语.句子本身就是疑问词引导的陈述句序,所以没有必要更改.
再比如：Could you tell me who is the man over there?也是同样的句型结构,所以关键是看疑问词在疑问句中做主语还是其他成分.如果做主语,句序不需要改变；如果做宾语或者补语等其他成分,则需要改为陈述句序.