内膜以内,基质中
第二阶段：丙酮酸进入线粒体的基质中,两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下,共脱下20个[H],丙酮被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量,其中一部分用于合成ATP,产生少量的能量.反应式：2丙酮酸+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量