A、根据题干信息“在人类染色体DNA不表达的碱基对中”可知该短序列不能表达产生蛋白质，因此不能用于生产基因工程药物，A错误；
B、由以上分析可知短序列体现了DNA分子的特异性，可用于侦查罪犯，B正确；
C、短序列不表达，不能用于遗传病的产前诊断，C错误；
D、把正常基因导入病人体内有缺陷的细胞中，使该基因的表达产物发挥功能，从而达到治疗疾病的目的，而该短序列不表达，不能用于基因治疗，D错误．
故选：B．