对于每一个发酵过程而言,污染的杂菌种类的影响是不同的.如在抗生素的发酵过程中,青霉素的发酵污染细短产气杆菌比粗大杆菌的危害更大；链霉素的发酵污染细短杆菌、假单胞杆菌和产气杆菌比污染粗大杆菌更有危害；四环素的发酵过程最怕污染双球菌、芽孢杆菌和夹膜杆菌；柠檬酸的发酵最怕青霉菌的污染；谷氨酸发酵最怕噬菌体污染.因噬菌体蔓延迅速,难以防治,容易造成连续污染.若污染的杂菌是耐热的芽孢杆菌,可能是由于培养基或设备灭菌不彻底、设备存在死角等引起；若污染的是球菌、无芽孢杆菌等不耐热杂菌,可能是由于种子带菌、空气过滤效率低、除菌不彻底、设备渗漏和操作问题等引起；若污染的是真菌,就可能是由于设备或冷却盘管的渗漏（一般是浅绿色菌落）、无菌室灭菌不彻底或无菌操作不当（一般是霉菌）、糖液灭菌不彻底(特别是糖液放置时间较长)而引起.