标准的PCR过程分为三步（如图所示）：
　　1.DNA变性（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下,
　　氢键断裂,形成单链DNA
　　2.退火（复性）（40℃-65℃）：系统温度降低,引物与
　　DNA模板结合,形成局部双链.
　　3.延伸（68℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右最佳的活
　　性）的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′ 端延
　　伸,合成与模板互补的DNA链.
　　每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量既增加一倍.
　　现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度.