A、碘液用来检测淀粉的存在，A错误；
B、亚甲基蓝溶液可以检测好氧细菌的存在，B错误；
C、醋酸洋红用来给染色质染色，C错误；
D、健那绿可以将线粒体染成蓝绿色，D正确．
故选：D