看要达到目的
要扩增基因/质粒：整合在松弛型质粒上,常常在大肠杆菌扩增,加氯霉素抑制蛋白质合成,几小时后可有几千质粒.
表达产物：原核生物表达系统较为简单,但后期分离产物较为麻烦.而且不能对蛋白质进行修饰,不适宜生产真核生物基因编码的蛋白质.
真核生物表达系统可以把产物分泌到胞外,易于分离,而且能对蛋白质进行修饰.比较好的有甲醇酵母.
植物：植物愈伤组织、植物原生质体、植物生殖细胞、叶绿体
动物：受精卵、胚胎干细胞（ES细胞）