A、Dd是一对等位基因组成的，属于杂合子，A错误；
B、AAbbEe是由三对基因组成，其中Ee是一对等位基因组成的，属于杂合子，B错误；
C、AaBB是由二对基因组成，其中Aa是一对等位基因组成的，属于杂合子，C错误；
D、AAEEff是由三对基因组成，其中没有等位基因，属于纯合子，D正确．
故选：D．