根据内共生学说的推测,蓝藻有可能是叶绿体的祖先.最早有一种类似变形虫的动物吞噬了蓝藻,但却未能完全消化,结果叶绿体在它体内与它共生,变成了该单细胞生物体内的细胞器,伴随着该生物的不断进化（成为了现代植物）,蓝藻也进化成了现在的叶绿体.
科学家作出这种推测的原因有二,一是蓝藻和叶绿体在很多方面相似,二是叶绿体体内的DNA和宿主植物的DNA完全不同.
所以,没有蓝藻,就不会有现在的植物,更不会有靠植物光合产生的氧气过活的动物了.