你好
what are your favorite subjects.是指问：你最喜欢的科目有哪些.
what is your favorite subject.是指问：你最喜欢的科目是哪一个.
前一句是are做的be动词,are是复数形式,那么就是问的是那些,而不是哪个.后一句,是is,单数形式,哪一个.用复数是,subject要加s.单数不加.
这应该就是区别.希望帮到你