A、原核生物有遗传物质，主要位于拟核，A错误；
B、原核生物中含有核物质，B错误；
C、原核生物含有核糖体一种细胞器，C错误；
D、孟德尔遗传规律只适用于进行有性生殖的生物，而原核生物进行无性生殖，D正确．
故选：D．