A、肌糖原必须通过分解产生葡萄糖，在进行有氧呼吸，将能量转移到ATP中，才是骨骼肌的直接能量来源，A错误；
B、磷酸肌酸也要讲能量转移到ATP中，骨骼肌才能利用，B错误；
C、葡萄糖通过呼吸作用的分解以后产生的ATP才能被肌肉所利用，C错误；
D、生物体进行生命活动所需要的能量都直接来源于ATP，D正确．
故选：D．