该生物某自然种群中，a基因纯合会导致某种生物胚胎致死，假设AA的比例为x，Aa比例为y，则A的基因频率=（2X+Y）÷（2x+2y）=50%，可推出x=0，即该种群杂合子（Aa）比例接近于100%．
故选：D．