He is from the USA.
He comes from the USA.
都是一样的意思：他来自美国.
只是两个句子结构不一样:
第一个是主系表结构：主语He,系动词：is 表语:from the USA;
第二个句子是主谓结构：主语He,谓语:comes from the USA.
如果你非要问区别,可以说第一句强调一个状态和事实,即他是美国来的；第二句强调一个动作,他来自美国.
因为主语是第三人称单数的时候,要注意主谓一致,系动词和谓语动词要用单三式（is,comes）