A、大肠杆菌属于原核生物，原核生物没有核膜包被的典型的细胞核，因此在拟核区转录信使RNA，A正确；
B、乳酸菌属于原核生物，没有线粒体，只能进行无氧呼吸，无氧呼吸发生在细胞质基质中，B正确；
C、衣藻属于真核生物中的低等植物，因此具有叶绿体，能够进行光合作用，C正确；
D、合成蛋白质的场所为核糖体，D错误．
故选：D．