习惯上认为是沿着基因方向（也就是转录翻译成肽链的方向）3'->5'方向的DNA链用作转录的链,形成的mRNA的顺序和5'->3'的顺序的链是一样的.因此,转录等于是“复制”了一份5'->3'的DNA链的副本.
随便举个例子吧：
5'-ATGCATGCCCGACCCT-3'
3'-TACGTACGGGCTGGGA-5'
转录出来的mRNA是：
5'-AUGCAUGCCCGACCCU-3'
但是也有例外,就是某些细菌会带有重叠的基因.这些基因的5'->3'和3'->5'的链上都有基因,但是这时候两条链上的这些基因是相反的,所以从这一点上来说,转录“复刻”5'->3'链的规则是不变的.
从根本上讲呢……因为RNA聚合酶只能从5'->3'进行合成,而作为合成的模板必须是3'->5'.举例说就是这样：
5'-A
3'-TACGTACGGGCTGGGA-5'
5'-AU
3'-TACGTACGGGCTGGGA-5'
5'-AUG.
3'-TACGTACGGGCTGGGA-5'
合成的方向是从5'->3'
模板是3'-5'