A、非同源染色体上的DNA分子的碱基序列不同，A错误；
B、非同源染色体上的DNA分子的碱基数目一般不同，B错误；
C、不同DNA分子的（A+T）与（G+C）的比值不同，C错误；
D、任何DNA分子都由四种碱基（A、C、G、T）组成，D正确．
故选：D．