细胞核中圆形或椭圆形的颗粒状结构,没有外膜,在蛋白质合成旺盛的细胞,常有较大或多个核仁,核仁富含蛋白质和RNA分子.核仁由颗粒组分,纤维中心和致密纤维组分三大部分组成.核仁组成成分包括rRNA,rDNA和核糖核蛋白.核仁是rRNA基因存储,rRNA合成加工以及核糖体亚单位的装配场所.因为胚胎干细胞需要分裂出大量细胞,所以需要的原料也是比一般细胞要多,所以需要的含蛋白质和RNA分子就多,而核仁富含蛋白质和RNA分子.胚胎干细胞具有与早期胚胎细胞相似的形态结构,细胞核大,有一个或几个核仁,胞核中多为常染色质,胞质胞浆少,结构简单.体外培养时,细胞排列紧密,呈集落状生长.用碱性磷酸酶染色,ES细胞呈棕红色,而周围的成纤维细胞呈淡黄色.