点燃该气体后，在火焰上方罩一干冷烧杯，烧杯内壁出现水雾，说明气体中含有氢元素；把烧杯迅速倒转过来，注入少量澄清石灰水并振荡，石灰水变浑浊，说明生成了二氧化碳，气体中含有碳元素；只要该气体中含有碳元素和氢元素即可．
A、甲烷既含有氢元素又含有碳元素，但只要该气体中含有碳元素和氢元素即可，不一定只含甲烷，如气体是一氧化碳和氢气的混合物也可，故选项说法错误．
B、只含有氢气，则只含有氢元素，不可能只含有氢气，故选项说法正确．
C、氢气和一氧化碳的混合气体中既含有氢元素又含有碳元素，符合要求，可能只含有氢气和一氧化碳，故选项说法正确．
D、三种气体都存在，既含有氢元素又含有碳元素，符合要求，故选项说法正确．
故选：A．