从细胞结构上看,原生动物的单细胞相似于多细胞动物身体中的一个细胞,也可以区分成细胞质及细胞核,细胞质表面有细胞膜包围.从机能上看,（原生动物）细胞又是一个完整的有机体,它能完成多细胞动物所具有的生命机能,例如营养、呼吸、排泄、生殖及对外界刺激产生反应,这些机能由细胞或由细胞特化而成的细胞器来执行.所以不同的细胞器在机能上相当于多细胞动物体内的器官及系统.它们是在不同的结构水平上执行着相同的生理机能.原生动物在结构与机能上分化的多样性及复杂性是多细胞动物中任何一个细胞无法比拟的,所以从细胞水平上说,构成原生动物的细胞是分化最复杂的细胞.极少数原生动物是由几个或许多个细胞组成,细胞之间没有形态与机能的分化,也可能出现了初步的形态机能分化,但每个细胞仍然保持着一定的独立性,这类原生动物称为群体,例如盘藻、杂球藻等.