蛋白质是生命活动的主要承担者，不同细胞的功能不同的原因是由于细胞分化形成了不同种类的蛋白质所致．
A、无机物的含量不同不是平滑肌、骨骼肌和心肌功能不同的主要原因，A错误；
B、平滑肌、骨骼肌和心肌中核酸的分布是相同的，B错误；
C、糖类是生命活动的主要能源物质，肌肉分为平滑肌、骨骼肌和心肌中的糖类基本相同，C错误；
D、蛋白质是生命活动的主要承担者，肌肉分为平滑肌、骨骼肌和心肌中的蛋白质种类不同是功能不同的主要原因，D正确．
故选：D．