习惯不是完全有道理的,但可能也不是全无道理.如果你在乘公交车时有人给你打电话,你应该也是说“我现在在车上”,而不是“我现在在车里”吧?英文完全一样：I'm on the bus.而不是I'm in the bus.
究其原因,我们说这话时,重要的不是说清我们的空间位置（从空间位置说我们确实是in the bus）,而是要说清我们是搭乘在一个交通工具上.
照理说,说到自己的包的时候,关注的重点确实是它的位置.但受习惯的影响,还是说成on the bus了.别人也不会理解成你是把它放在巴士的顶上了.