A、在岸边看到水中鱼的位置，实际是鱼变浅的虚像，故A错误；
B、雨过天晴天空会出现彩虹，它是由光的折射形成的，故B错误；
C、若不注意用眼卫生很容易使眼“近视”，这时就需佩戴用凹透镜制成的眼镜矫正，故C错误；
D、2009年7月我国长江流域出现的日食奇观，可以用光的直线传播理论解释，故D正确．
故选D．