A、在该实验中，选作杂交实验的两个亲本一定要是纯种，A正确；
B、为了便于观察，选定的一对相对性状要有明显差异，B正确；   
C、该实验中进行了正交和反交实验，因此不一定要让显性亲本作父本，隐性亲本作母本，C错误；             
D、孟德尔遗传实验过程为先杂交后自交，因此要让两个亲本之间进行有性杂交，D正确．
故选：C．