A．细胞膜破裂，但细胞质中的酶以及线粒体还在，所以能进行呼吸作用，产生CO₂，A正确．
B．葡萄糖降解形成丙酮酸后进入线粒体中，完成有氧呼吸的第二、第三阶段，在第二阶段中有CO₂的产生，B错误．
C．丙酮酸进行线粒体后，在线粒体基质中进行有氧呼吸的第二阶段，该阶段有水的参与，生物CO₂和[H]，C正确．
D．丙酮酸在细胞质基质中，如果此时与外界隔绝空气，则会进行无氧呼吸，酵母菌的无氧呼吸产物是酒精和CO₂，D正确．
故选：B．