特定的引物决定了所扩增的DNA片断.引物是人工合成的短DNA片断,一般不超过50个碱基(通常18－25个),它们与所要扩增的DNA片断的起始和终止区域完全互补.在“退火”时引物结合于DNA模板的起始和终止点,DNA聚合酶结合到这两个位置,开始合成新的DNA链.
(在DNA双链分离后,降低温度使得引物可以结合于单链DNA上叫"退火")