A．甲烷和氨气的相对分子质量不同，则等物质的量的两种气体的质量不同，故A错误；
B．由于气体存在的条件未知，则不能确定气体的体积，故B错误；
C．根据N=nN_A可知两种气体的分子数相等，故C正确；
D．构成两种分子的原子数目不同，分别为5和4，则相同物质的量时气体的原子数目不同，故D错误．
故选C．