A、利用电子显微镜可以看到细胞的亚显微镜结构叶绿体的结构有两层膜，A错误；
B、黑藻的叶绿体是绿色的，呈扁平的椭圆球形或球形，B错误；
C、利用电子显微镜可以看到细胞的亚显微镜结构叶绿体的内部有许多基粒，C错误；
D、黑藻的叶绿体是绿色的，呈扁平的椭圆球形或球形，D．
故选：D．