化石是保存在地层中的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹．由于某种原因被深埋在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的．研究发现，不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石：埋藏于较浅地层中的化石与现代生物结构比较相似，埋藏于较深地层中的化石与现代生物结构差别较大，并且越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等，陆生生物化石越多．生物进化的许多环节还缺少化石证据，化石证据不够全面的原因可能是：有的化石还没有被发现；有的生物没有留下化石；有的化石由于人为原因或环境因素被破坏等．
故答案为：有的化石还没有被发现；有的生物没有留下化石；有的化石由于人为原因或环境因素被破坏等．