A、根据有氧呼吸第二阶段是丙酮酸和水反应生成二氧化碳和[H]，可以推知①为H₂O，根据有氧呼吸第三阶段是氧气和[H]反应生成水，可以推知②为O₂，A正确；
B、图中（一）、（二）两阶段产生[H]的场所分别是细胞质基质、线粒体，B错误；
C、图中（三）阶段产生的水中的氢最终来自葡萄糖和水，C错误；
D、1分子葡萄糖水解后形成两分子丙酮酸，故1分子丙酮酸经过（二）、（三）两阶段可产生3分子水，D错误．
故选：A．