解:(1)多400册,设甲书店有书 X 册,乙书店有书Y册
列方程式为：
X+Y=5000
Y+400=1/2（X-400）+400
解得X≈3466.67Y≈1533.33
（2）少400册,设设甲书店有书 X 册,乙书店有书Y册
列方程式为：
X+Y=5000
Y+400=1/2（X-400）-400
解得X=4000Y=1000
综上所述,（1）中不符合题意,（2）符合.求书店的数量差是4000-1000=3000册