∵抛物线y=x²-3x与x轴的交点得横坐标就是方程x²-3x=0的根，
∴x²-3x=0，
解得x=0或x=3，
∴二次函数y=x²-3x的图象与x轴两个交点的坐标分别为（0，0），（3，0），
故选B．