在体细胞中，染色体是成对存在的，基因也是成对存在的，分别位于成对的染色体上；在形成生殖细胞的过程中，成对的染色体分开，每对染色体中的一条进入精子或卵细胞中，基因也随着染色体的分离而进入不同的生殖细胞中．一只公羊体细胞中有AAEE基因，那么它的生殖细胞里基因组成只能产生一种生殖细胞，说明他的基因组成是AE．
故选：C．