A、蓝藻能够进行光合作用，而幽门螺杆菌不能进行光合作用，A错误；
B、幽门螺杆菌与蓝藻都属于原核生物，细胞结构中均不含核膜和染色体，B错误；
C、原核细胞的遗传物质主要在拟核区，C正确；
D、原核细胞的细胞膜的化学组成和结构基本相同，但是细胞具特异性，不可能完全相同，D错误．
故选：C．