A、分析表格可知，数据没有显示温度和性别影响棒眼果蝇发育的机理，A错误；
B、分析表格可知，不同温度雌、雄棒眼果蝇复眼的小眼数目不同，同一温度下，不同性别的小眼数目不同，因此果蝇复眼中的小眼数目受温度影响，也与性别有关，B正确；
C、分析表格可知，实验没有涉及食物这一自变量，不能看出食物成分对小眼数目的影响，C错误；
D、温度通过影响酶的活性影响细胞代谢从而影响小眼数目，D错误；
故选：B．