A、人体细胞中，CO₂是在有氧呼吸第二阶段产生的，场所在线粒体基质中，A错误；
B、胃蛋白酶的化学本质属于分泌蛋白质，在核糖体上合成，B错误；
C、血红蛋白的化学本质属于蛋白质，在核糖体上合成，C错误；
D、人体ATP的生成在细胞质基质和线粒体，D正确．
故选：D．