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已知基因名和cDNA位点,如何找到相对应的DNA序列上的位点?
例:已知基因名PLEC,NM_201384,exon1,c.14A>G.现在要验证c.14A>G这个位点是否发生突变.我在NCBI中可以查到这个基因相对应的mRNA的序列,可以以mRNA序列设计引物么?这对因为可以对gDNA进行扩增么?c.14这个位点对应到gDNA序列中是哪个位点?
人气:367 ℃ 时间:2020-05-23 23:22:25
解答

你找的14a在这里,通过上下游的碱基搜索就可以了.


可以根据mRNA序列设计引物,扩增gDNA,但必须注意,引物必须在同一个exon上.如果扩增的片段跨了一个或几个intron,还要用到long PCR的酶.


有个比较简单的方法,反转录mRNA,以cDNA为模板,就没有上述的限制了.

引物设计软件,例如PP6,可以设定引物的位置
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