A、解旋酶是在DNA复制时要用的酶，A错误；
B、DNA连接酶是用来连接目的基因与质粒的工具酶，B错误；
C、根据题意，可用第一种或第二种方法，因此检测过程中必须用到限制性内切酶，C正确；
D、RNA聚合酶是转录过程用的酶，D错误．
故选：C．