1.真核基因多含有内含子,在原核细胞内,无法将内含子剪掉.合成的蛋白质就就不是正确的氨基酸序列,也无法折叠形成正确的空间结构（高级结构）.而正确的空间结构是维持蛋白质生物学活性必不可少的.变性的蛋白质,之所以失去生物学活性,就是因为空间结构遭到破坏.
2.蛋白质在内质网上的核糖体合成后,都有一个翻译后加工的过程（发生在内质网腔、高尔基体内）,才能形成成熟的蛋白质.原核细胞没有相应的翻译后加工机制（原核细胞内没有内质网、高尔基体）,所以无法产生有生物学活性的蛋白质.