原来科技书与故事书的比是：2：3=6：9，
上午将新购进的一批科技书设放到图书室，整理后，科技书与故事书的本数比是10：9；
所以科技书购进10-6=4（份）；
下午又将新购进的故事书与投放到图书室，这时科技书与故事书的本数比是：5：6=10：12；
故事书购进12-9=3（份），
所以原来总数量为100×（4-3）×（6+9）=1500（本）；
答：原来图书室有科技书和故事书共有1500本．