这个长句子的主干是两个句子组成,第一个是逗号前面的句子,第二个是but引导的句子；
前面的意思说他被rockcrawler开始工作发出的嘈杂声吓了一跳,noise后面省略了that引导后面的主语从句；
but引导的句子意思说幸好rockcrawler和主人公离休息区够远,所以他暗自庆幸,“但愿没有吵醒任何人”,这里的that引导虚拟语气的同谓语从句,起补充说明作用；
告别语法时代很久了,个人理解,希望能奏效吧~